Το Αρεταίειο Νοσοκομείο διοικείται αυτοτελώς από 7μελές διοικητικό Συμβούλιο το οποίο ονομάζεται «Εφορεία» και η οποία ορίζεται από την Ιατρική Σχολή και το Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών

Οι διοικητικές υπηρεσίες του Αρεταίειου νοσοκομείου είναι οργανωμένες στις παρακάτω Διευθύνσεις:

α) Διεύθυνση Διοικητικού:

Αποτελείται από τα ακόλουθα τμήματα:

• Τμήμα Προσωπικού.
• Τμήμα Γραμματείας.
• Τμήμα Παρακολούθησης Ασθενών και Αρχείου.
• Τμήμα Επιστασίας.
• Γραφείο Βιβλιοθήκης.

β) Διεύθυνση Οικονομικού:

Αποτελείται από τα ακόλουθα τμήματα:

• Τμήμα Λογιστηρίου.
• Τμήμα Προμηθειών.
• Τμήμα Διαχείρισης.
• Τμήμα Χρηματικού.
• Τμήμα Διατροφής.
• Τμήμα Εκκαθάρισης Ασφαλιστικών Ταμείων.
• Τμήμα Πληροφορικής.

γ) Διεύθυνση Τεχνικού:

Αποτελείται από τα ακόλουθα τμήματα:

• Τμήμα Τεχνικών Έργων.
• Τμήμα Βιοιατρικής Τεχνολογίας.